All modules for which code is available

• pylogeny.JSONWriter
• pylogeny.alignment
• pylogeny.base
• pylogeny.database
• pylogeny.executable
• pylogeny.heuristic
• pylogeny.landscape
• pylogeny.landscapeWriter
• pylogeny.model
• pylogeny.newick
• pylogeny.parsimony
• pylogeny.pll
• pylogeny.rearrangement
• pylogeny.scoring
• pylogeny.tree